Souhrn

Výběr řezů k hodnocení je zásadní z několika důvodů. Především kvalita řezů i barvení musí být vysoká, protože od ní se odvíjí možnosti a úspěšnost digitálního zpracování obrazu. Dále je třeba zvážit jaké řezy a kolik vybrat z hlediska morfologicko-anatomického uspořádání studovaného objektu, abychom získali nezatížený odhad parametrů, které kvantifikujeme. Je vhodné vzít v úvahu metody rovnoměrně náhodného výběru řezů, využít stereologické metody a tím snížit množství hodnocených řezů. My jsme brali v úvahu i to, kde se fenolické látky v embryu hromadí. Abychom mohli porovnávat ošetřené varianty s neošetřenými kontrolními vzorky, snažili jsme se vybírat řezy ze všech morfologických částí embrya (tj. děloh, hypokotylu a kořenové špičky s čepičkou) i anatomických struktur (pokožky, podpokožkového parenchymu i středního válce).  

Rostlinné buňky mají mnoho nevýhod, které mikroskopikům komplikují život. V našem případě byla takovou komplikací přítomnost větších vakuol bez zjevného obsahu, která znesnadňovala segmentaci obrazu. Klasifikátor tyto zdánlivě prázdné prostory přiřazoval do třídy pozadí a dal se jen těžko přesvědčit, aby to nedělal. V takovém případě je nejspíš vhodné použít pro zakreslení značky jiný nástroj pro kreslení ROI než jen linku, byť o velké tloušťce. Použití polygonu nebo volného obrazce, který vykryje celou buňku, včetně jádra a vakuoly bez fenolických látek, může segmentaci usnadnit a zpřesnit. Výhodou pro kvalitní a správnou segmentaci je určitě kontrastní barvení různými barvivy. Stejný odstín pro buněčnou stěnu i jádro byl v našem případě problém.

Vytvořený model klasifikátoru je třeba vyzkoušet na dalších obdobných snímcích dřív, než ho aplikujeme na velký soubor obrázků. Doporučujeme trénink provést na více než jednom snímku, a zkontrolovat, zda klasifikátor přiřazuje struktury do tříd správně a výsledná segmentace obrazu odpovídá pravdě. 

 

---