3 - Prahování a získání ROI celého řezu

Zkopírovanou pravděpodobnostní mapu jsme naprahovali tak, aby byl vyznačený celý řez pletivem (Image>Adjust>Threshold; zaklikli jsme AUTO, čímž se vyznačila oblast s fenoly a pak jsme upravili práh tak, aby červená zakryla pokud možno celý řez). Poté jsme klikli kouzelnou hůlkou (magic wand v nástrojovém menu ImageJ) do červené oblasti - vyznačil se žlutě ROI kolem celého řezu. Otevřeli jsme ROI manager (Analyze>Tools>ROI manager) a přidali do něj vyznačenou oblast (Add, možno udělat i klávesovou zkratkou t), kterou jsme vzápětí přejmenovali (Rename) "Full", jako celý řez.