// Makro prahování, tvorba ROI, měření včetně otevření hyperstacku a duplikace mapy buněk s fenoly // http://lbac.ueb.cas.cz/strana-knihy/mereni // // Uživatel vybere soubor, pravděpodobně s příponou TIF. path = File.openDialog("Select probability maps TIF File"); cell_with_phenolics_image_name = "cell with phenolics"; Dialog.create("Confirm image name"); Dialog.addMessage("Prosím, potvrďte nebo upravte název obrázku pro měření.\n "); Dialog.addString("Název obrázku:", cell_with_phenolics_image_name, 25); Dialog.show(); cell_with_phenolics_image_name = Dialog.getString(); // Otevře soubor. open(path); // Připraví název výsledného souboru. orig_image_title = getTitle(); dotIndex = indexOf(path, "."); results_name = substring(path, 0, dotIndex) + " (measurement results)"; // Měří. lbac_measurement_area(path, cell_with_phenolics_image_name, results_name); message_title = "Výsledek měření byl uložen"; message = "Výsledek měření byl uložen do souboru " + results_name + "\nOkna s obrázky budou zavřena bez ukládání."; showMessage(message_title, message); while (nImages>0) { selectImage(nImages); close(); } /** * Změří a uloží výsledky do CSV. */ function lbac_measurement_area(path, image_name, results_file_title) { run("Stack to Images"); selectWindow(image_name); run("Duplicate...", " "); setAutoThreshold("Default dark"); //run("Threshold..."); //setTool("wand"); doWand(1054, 318); run("Create Selection"); // ROI - region of interest run("ROI Manager..."); roiManager("Add"); roiManager("Select", 0); roiManager("Rename", "phenolics"); selectWindow(image_name); setAutoThreshold("Default dark"); //setTool("wand"); doWand(1094, 414); roiManager("Add"); roiManager("Select", 1); roiManager("Rename", "full"); roiManager("Deselect"); run("Set Measurements...", "area display redirect=None decimal=3"); roiManager("Measure"); saveAs("Results", results_file_title + ".csv"); }