Dalším krokem po proběhnutí prvního tréninku klasifikátoru bylo nadefinování další třídy - buňky bez fenolů (Create new class) (viz horní obrázek). Značky, kterými jsme chtěli tyto ROI přiřadit do třídy, jsme kreslili přes celé buňky, snažili jsme se zahrnout celý obsah buněk včetně jader a vakuol. Samostatnou třídu buněčná jádra jsme nedefinovali, protože naším cílem bylo rozlišit celé buňky podle obsahu vakuol (+fenoly x -fenoly) a ne podle velikosti nebo tvaru jádra. Po přidání značek i do ostatních tříd, především do třídy buněčná stěna, jsme znovu spustili trénink klasifikátoru. Výsledek ukazuje prostřední obrázek. Je zřejmé, že se už do značné míry podařila segmentace buněčných stěn, ale stále ještě jsou některé vakuoly přiřazovány do třídy pozadí (překryvná barva je červená). Výsledek dalšího přidání značek do chybně klasifikovaných míst a následného tréninku ukazuje spodní obrázek. Je vidět, že stále méně vakuol je přiřazováno chybně, ale jádra jsou vzhledem k výraznému zbarvení často přiřazována do třídy buněčná stěna (překryvná barva je zelená).