V předchozím textu jsme zmínili, že jsme pro segmentaci obrazu zvolili čtyři třídy. Podle výchozího nastavení ovšem začíná plugin TWS se dvěma třídami. Pokud histologický řez nevyplňuje celý snímek, je na počátku tréninku klasifikátoru vhodné odlišit vlastní řez od okolního pozadí. Proto jsme nejprve definovali třídy pozadí (background) a buněčná stěna (cell wall). Další dvě třídy jsme přidávali postupně, vždy po tréninku klasifikátoru.
Značky do tříd je možné přiřazovat pomocí nástrojů pro kreslení ROI, které jsou k dispozici v nástrojovém menu ImageJ - použít lze obdélník, ovál, elipsu, polygon, štětec nebo od ruky kreslenou linku (freehand line), která má ve výchozím nastavení šířku 1 pixelu. Linka od ruky je automaticky vybrána při spuštění TWS a i my jsme ji používali výhradně. Šířku linky můžeme změnit v okně, které se otevře po dvojkliknutí levým tlačítkem myši na ikonu linky od ruky. Širší linku jsme používali pro značení celých buněk a pro označení pozadí kolem řezu, pro značení buněčných stěn byla vhodnější linka tenčí. Snímek můžeme zvětšovat nebo zmenšovat tlačítky "+" a "-" nebo po zapnutí lupy na nástrojové liště ImageJ také levým a pravým tlačítkem myši.
Každou značku je třeba ručně přiřadit do třídy hned po nakreslení. Nepřiřazená značka po nakreslení další značky zmizí. Značku, kterou jsme po nakreslení přiřadili do třídy, ale nejsme spokojeni, s tím, jak jsme ji nakreslili nebo jsme se spletli a zařadili ji do špatné třídy, zrušíme dvojklikem levou klapkou myši na zápis v seznamu na pravé straně okna TWS. Není možné značku smazat přímo v obrázku. Po smazání v seznamu změní značka na obrázku barvu a po kliknutí na jiné místo ve snímku zmizí.
Na horním obrázku ukazujeme první nakreslené a do seznamů dvou tříd přidané značky.
Na dolním obrázku ukazujeme výsledek prvního kola tréninku klasifikátoru. Je zřejmé, že klasifikátor pouze odlišil řez od pozadí, do kterého zařadil i některé velké vakuoly.