2 – Výchozí originální snímek jsme otevřeli v ImageJ (File>Open nebo přetažením na lištu (Status Bar) - Drag&Drop) jako Hyperstack bez zaškrtnutého políčka Autoscale. Vyzkoušejte si, jak váš snímek vypadá po otevření bez nebo s Autoscale. Tato funkce upravuje minimální a maximální hodnoty histogramu a může změnit barevné odstíny v obrázku. Pokud při histochemickém barvení opravdu záleží na odstínech jako v případě detekce fenolických látek pomocí barvení toluidinovou modří, je třeba dát pozor. Kontrast můžete později upravit jinak                                      (Image>Adjust>Brightness&Contrast).

V záhlaví snímku jsou vždy kromě názvu souboru uvedeny informace o typu a velikosti snímku v mikrometrech, pixelech, bitech i bytech.