MŠMT, 2017-2020, Kateřina Eliášová
Anotace:
Cílem akce COST Neubias (A new Network of European BioImage AnalystS to advance life science imaging) je vytvořit evropskou síť expertů na obrazovou analýzu a propojit je s vědci, kteří při svém výzkumu živých organizmů používají nejrůznější zobrazovací techniky a generují tak množství dat, která vyžadují analýzu obrazu. Na symposiích a pracovních setkáních pak tito experti nabídnou řešení konkrétních úloh, které biologové předloží.
Naše laboratoř se dlouhodobě zabývá studiem somatické embryogeneze jehličnanů, především smrku ztepilého. Nedílnou součástí našeho výzkumu jsou zobrazovací techniky (stereomikroskopie, světelná, fluorescenční a konfokální mikroskopie), které nám poskytují množství dat, vyžadující obrazovou analýzu. V rámci akce COST Neubias budeme úzce spolupracovat s experty na analýzu obrazu. Poskytneme soubory dat, získané při našich pozorováních, a porovnáme naše standardní postupy s jinými možnými přístupy hodnocení, které poskytují jiné počítačové programy. Naše úlohy, které zahrnují např. stanovení viability buněk somatických embryí, poměrného zastoupení pletiv, stanovení počtu objektů apod., mohou sloužit jako vzorové příklady v databázi řešených úloh. Porovnáme rozdílné metodické postupy řešení a výsledky těchto porovnání budou uveřejněny ve webové aplikaci, která bude v rámci této akce COST vytvořena. Na experty se obrátíme v rámci workshopů „Call for help“ se složitějšími úlohami, jako je např. měření optické density nebo vyhodnocení změn fluorescence fotokonvertibilních fluorescenčních proteinů. Doporučené postupy využijeme při řešení úloh našeho výzkumu a výsledky budeme publikovat ve vědeckých časopisech.